Філогенетичний аналіз домінантних мікроорганізмів родів Bacillus i Phyllobacterium, ізольованих з ризосфери ячменю ярого

Анотація

Мета. Визначити таксономічне положення домінантних мікроорганізмів ризосфери ячменю ярого — представників родів Bacillus i Phyllobacterium — на основі філогенетичного аналізу нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК. Методи. Для ідентифікації бактерій використовували аналіз нуклеотидних послідовностей гена 16S рРНК. Бактеріальну ДНК виділяли з суспензії бактеріальних клітин з використанням набору GeneJet Genomic DNA Purification Kit (Thermo Scientific), згідно з протоколами виробника. Ампліфікацію гена 16S рРНК проводили з праймерами 27f (5′-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3′) і 1492r (5′-CGGTTACCTTGTTACGA CTT-3′). Результати. Визначено таксономічне положення домінантних мікроорганізмів ризосфери ячменю ярого (штами Phyllobacterium ifriqiyense 1 та Bacillus methylotrophicus 10 робочої колекції кафедри екобіотехнології та біорізноманіття НУБіП України) на основі філогенетичного аналізу нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК. Нуклеотидну послідовність фрагменту гена 16S pPHK зазначених вище штамів зареєстровано в міжнародній базі даних GenBank (NCBI) за №: MK947049, MK947055 та MK947050, MK947056 відповідно. Отриманий амплікон розміром ~ 1500 п.н. вирізали з гелю і очищували за допомогою набору GeneJet PCR Purification Kit (Thermo Scientific). Концентрацію ДНК визначали на спектрофотометрі DS-11FX+ (DeNovix, США). Очищений ПЛР-продукт секвенували у двох напрямках на приладі «Genetic Analyzer 3130» (Applied Biosystems, США) з використанням набору реактивів «BigDye Terminator v 3.1 Cycle Sequencing Kit». Висновки. За аналізу виділених штамів Phyllobacterium ifriqiyense 1 та Bacillus methylotrophicus 10 за спорідненістю нуклеотидних послідовностей гена 16S рPHK виявлено 99% подібності із сиквенсами типових представників відповідних видів. Перспективні штами Phyllobacterium ifriqiyense 1 та Bacillus methylotrophicus 10 можна успішно інтродукувати у метагеном аборигенних формувань ґрунту як біоагентів мікробних препаратів, а також вони можуть забезпечити метаболічні функції біологічних систем ризосфери ячменю, бути практично цінними агентами біопротекторної дії, індукції системної стійкості рослин щодо фітопатогенів.